↓ブラシ全体を common/nodrawwater で包みます。
↓上面に textures/liquids_sd/siwa_water を貼ります。
この状態だと水中からはテクスチャが見えなくなるので
ブラシ全体をcommon/nodrawで包んだ後に底面にtextures/liquids_sd/siwa_waterを貼ったブラシを
先に作ったブラシの上に乗っけると水中からの見栄えも良くなります。
liquids_sd は Enemy Territory のテクスチャなので [Textures]メニューのshaderlist.txt only のチェックを外せば
メニューに出てくるでしょう。
テクスチャスケールは縦横0.5倍で使うとそれっぽくなります。