W:ETやTC:Eの公式マップの shader ファイルを弄ってみて、私が理解できたものをつらつらと書いてみます。
空のテクスチャを作るオーソドックスな方法は次のような３段階のステップを踏みます。
1. ６面の画像を用意して背景(下地)にする
2. その上に１枚の大きなマスクをかぶせて地平線〜低高度の空のディティールを表現する
3. 太陽や雲などのエフェクトを描きこむ
もちろんこの他にもいろいろな方法があって、公式マップでも空の作り方はまちまちです。いずれにしても元画像を作るためには Photoshop や Gimp などを使いこなすある程度の画像処理のスキルが必要でしょう。
shaderコマンドがたくさんでてきますが
説明の無いコマンドについては Q3Map2 Shader Manual を読んで調べて下さい。